Распоряжением Правительства РФ № 480-р от 8 апреля 2009 года Московский инженерно-физический институт переименован в Национальный исследовательский ядерный университет и реорганизован путем присоединения ряда высших и средних профессиональных учебных заведений, подведомственных Рособразованию и Госкорпорации «Росатом». Реорганизация проводится в целях реализации Указа Президента РФ от 7 октября 2008 года «О реализации пилотного проекта по созданию национальных исследовательских университетов».
Государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования «Московский инженерно-физический институт (государственный университет)» переименовывается в федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего профессионального образования «Национальный исследовательский ядерный университет «МИФИ». Новый университет будет отнесен к ведению Рособразования. Реорганизация должна быть осуществлена в пределах бюджетных ассигнований, предусмотренных в федеральном бюджете на 2009 год Рособразованию и Госкорпорации «Росатом» на обеспечение деятельности реорганизуемых образовательных учреждений.
Согласно распоряжению Правительства, предметом и целью деятельности университета являются подготовка специалистов по образовательным программам высшего профессионального, послевузовского профессионального, среднего профессионального образования и дополнительным профессиональным образовательным программам, а также ведение образовательной и научной деятельности. Росимуществу совместно с Рособразованием и Госкорпорацией «Росатом» поручено оформить закрепление в оперативном управлении за университетом относящегося к федеральной собственности имущества реорганизуемых образовательных учреждений.
Росатом должен обеспечить передачу Рособразованию предусмотренных в федеральном бюджете на 2009 год бюджетных ассигнований на содержание подведомственных образовательных учреждений, реорганизуемых в соответствии с распоряжением Правительства РФ, в размере 377592,7 тыс. рублей. В свою очередь, Рособразованию поручено обеспечить выделение бюджетных ассигнований в размере 1658302,5 тыс. рублей на обеспечение деятельности университета за счет бюджетных ассигнований федерального бюджета на 2009 год, исходя из того, что предельная численность его работников составляет 8732 человека.
Перечень подведомственных «Росатому» образовательных учреждений, которые войдут в состав Национального исследовательского ядерного университета МИФИ: Новоуральский государственный технологический институт, Саровский государственный физико-технический институт, Северская государственная технологическая академия, Снежинская государственная физико-техническая академия, Южно-Уральский политехнический колледж, Красноярский промышленный колледж, Красноярский электромеханический техникум.
Перечень подведомственных Рособразованию образовательных учреждений, которые войдут в состав Национального исследовательского ядерного университета МИФИ: Обнинский государственный технический университет атомной энергетики, Ангарский политехнический колледж, Балахнинский политехнический колледж, Волгодонский политехнический техникум, Московский областной политехнический колледж, Математический колледж (г. Москва), Московский промышленный колледж, Нововоронежский политехнический колледж, Обнинский политехнический техникум, Сибирский политехнический колледж, Уральский технологический колледж.