Японское правительство считает, что все отработавшее ядерное топливо следует перерабатывать, извлекая плутоний, чтобы повторно использовать его в качестве топлива для атомных электростанций.
Принятая в апреле 2014 г. программа развития энергетики предполагает переработку всего извлеченного из реакторов топлива. Вместе с тем, в программе впервые намечено изучение проблемы хранения отработавшего ядерного топлива без его переработки. Такое решение возникло в связи с многочисленными перебоями в работе завода по переработке ядерных отходов Роккасо в префектуре Аомори на севере Японии.
Бридерный реактор на быстрых нейтронах Мондзю (префектура Фукуи) рассчитан на использование переработанного плутония. Однако и эта АЭС испытывает трудности в эксплуатации, а ее будущее находится под вопросом.
Агентство по атомной энергетике Японии будет продолжать проведение геологических и географических исследований для решения вопроса хранения облученного топлива, хотя эта задача имеет ряд сложностей. Отработавшее топливо высокорадиоактивно, а объем отправленного на хранение непереработанного выгоревшего топлива будет в 4 раза больше, чем объем переработанного. К тому же, в настоящее время у правительства нет перспектив найти участок земли, где разрешили бы построить такое хранилище.