Официальное открытие "КИСИ – Курчатов", на котором присутствовал В.В. Путин (в то время председатель Правительства РФ), состоялось 1 октября 1999 года. Сегодня Курчатовский источник синхротронного излучения - это уникальная научная установка класса "мегасайенс", единственный специализированный источник синхротронного излучения на всем постсоветском пространстве.
Первым директором Курчатовского синхротрона был Михаил Валентинович Ковальчук – один из ведущих ученых в области рентгеновской физики, стоявший у истоков развития у нас в стране исследований с применением синхротронного излучения еще с начала 1980-х годов. В 1999 г. он был назначен директором "Курчатовского центра синхротронных исследований". Под его руководством был введен в эксплуатацию Курчатовский источник синхротронного излучения и создано новое поколение прецизионного рентгеновского оборудования мирового класса.
В 2009 году Курчатовский синхротрон был серьёзно модернизирован: увеличили площадь экспериментального зала, значительно расширили само здание, благодаря чему стало возможным строительство новых станций, число которых в 2019 году достигло 16-ти. Современный "КИСИ-Курчатов" является центром коллективного пользования, междисциплинарной установкой, на которой одновременно проводятся исследования в области нанодиагностики, биотехнологий и живых систем, материаловедения, НБИКС-технологий, метрологии и др.
По инициативе М.В. Ковальчука и под его непосредственным руководством на базе "КИСИ-Курчатов" в 2009 году создан Курчатовский комплекс НБИКС-природоподобных технологий.
Курчатовский комплекс синхротронно-нейтронных исследований (ККСНИ) – единственное в России и одно из нескольких мест в мире, где на одной площадке сосредоточены специализированный источник синхротронного излучения (Курчатовский источник синхротронного излучения ("КИСИ-Курчатов"), исследовательский нейтронный реактор ИР-8 и набор современных лабораторных рентгеновских установок. Это дает возможность использовать уникальное сочетание их экспериментальных возможностей и добиться принципиально нового качества фундаментальных и прикладных исследований.
На сегодняшний день на "КИСИ-Курчатов" работает 16 экспериментальных исследовательских станций разной направленности. Идет модернизация существующих экспериментальных линий и вводятся в эксплуатацию новые станции. На "КИСИ-Курчатов" ежегодно проводится более 200 экспериментов исследовательскими группами из примерно 60 российских и зарубежных организаций. По результатам исследований, проведенных на "КИСИ-Курчатов", каждый год публикуется около 150 научных статей.