Владимир Аптекарев родился в Москве.

Окончил Российский университет дружбы народов.

В атомной отрасли с 2013 года: работал в ЗИОМАР (инжиниринговая компания, дочерняя структура «ЗиО-Подольска») руководителем направления, занимался развитием и продвижением новых продуктов.

В 2015 году был приглашен на «ЗиО-Подольск», занимал разные посты, включая пост руководителя направления по судостроению.

С 2017 года руководил направлением развития продуктов бизнес-направления «судостроение», а затем стал начальником управления продаж оборудования для судостроения в «Атомэнергомаше».

Прошел государственную программу профессиональной переподготовки «Проектирование и технология постройки морских транспортных судов» в Санкт-Петербургском государственном морском техническом университете.

С января 2020 года — ​директор по судостроению и ОПЭБ «Атомэнергомаша».