Январь 2002 − март 2005 — глава правления Национальной акционерной компании «Нафтогаз Украины». Тогда же был назначен госсекретарём Министерства топлива и энергетики.
Июнь 2003 − март 2005 — первый заместитель министра топлива и энергетики. Уволен с обоих постов Юлией Тимошенко.
С 11 марта2010 года по 24 декабря 2012 года — министр топлива и энергетики Украины.
С 24 декабря 2012 года по февраль 2014 года — вице-премьер-министр Украины
Доход
Юрий Бойко согласно его декларации о доходах, владеет только стареньким автомобилем ВАЗ-2101
Семья
Жена — Вера Дмитриевна; имеет 3 сыновей и 3 дочерей.
Награды
Герой Украины (с вручением ордена Державы, 22 августа2004 — за выдающиеся личные заслуги перед Украинским государством в развитии топливно-энергетического комплекса, многолетний самоотверженный труд).
Награждён орденом «За заслуги» III степени (05.2003).