Филиал был создан 25 июня 2012 года на основании приказа ФГУП «НО РАО» №83. Это произошло через 3 месяца после появления в соответствии с Федеральным Законом №190 «Об обращении с РАО» Национального оператора по обращению с радиоактивными отходами.
Наряду с другими филиалами предприятия, располагающимися в Северске и Димитровграде, филиал «Железногорский» обеспечивает глубинную изоляцию жидких радиоактивных отходов. С 1 января 2014 года персонал филиала эксплуатирует ПГЗ ЖРО полигон «Северный». Имущественный комплекс полигона распоряжением ГК «Росатом» №1-2Д/190-Р передан от ФГУП ФЯО «ГХК» в хозяйственное ведение ФГУП «НО РАО».
Филиал состоит из следующих подразделений: геологический отдел, цех по эксплуатации ПГЗ ЖРО, отдел по радиационной, промышленной, пожарной безопасности и охране труда, отдела инженерного обеспечения, службы безопасности и управления строительства. В железногорском филиале НО РАО трудится 71 сотрудник.
В настоящее время структура управления строительства изменяется в связи с началом сооружения Подземной исследовательской лаборатории (ПИЛ). Создание объекта ведется в рамках реализации федеральной целевой программы «Обеспечение ядерной и радиационной безопасности на 2016 – 2020 годы и на период до 2030 года». Цель создания объекта – проведение исследований для определения возможности изоляции в Нижнеканском скальном массиве (в непосредственной близости от ЗАТО г. Железногорск) РАО 1 и 2 классов.
В 2015 году были проведены общественные слушания по материалам обоснования лицензий на размещение и сооружение ПИЛ в Железногорске. В этом же году получено положительное заключение государственной экологической экспертизы. В настоящий момент объявлен конкурс на выполнение первого этапа строительно-монтажных работ по созданию объектов подземной исследовательской лаборатории в Нижнеканском массиве. Установленный срок окончания первого этапа – 15 ноября 2019 года, по планам сооружение ПИЛ завершится в 2024 году.
Важным направлением деятельности филиала «Железногорский» является информирование населения и общественных организаций о деятельности национального оператора. В течение нескольких лет предприятие участвует в значимых для Железногорска событиях городской жизни, ведет совместные проекты с Детским эколого-биологическим центром, осуществляет совместные с красноярскими ВУЗами образовательные и экологически-значимые проекты. Также филиал ведёт работу по созданию в Железногорске информационного центра с экспозицией, посвященной подземной исследовательской лаборатории и созданию в России системы финальной изоляции радиоактивных отходов.