87 контейнеров с отработанным ядерным топливом уже находятся на местах хранения в промежуточном хранилище ОЯТ. Все работы по снятию с эксплуатации планируется завершить до конца 2038 года.
В феврале 2018 г. из реактора второго энергоблока была выгружена последняя тепловыделяющая сборка, и тем самым в реакторе не осталось отработанного ядерного топлива. После окончательного останова энергоблока №2 в 2009 году только часть использованного топлива была выгружена в бассейны выдержки, остальное топливо находилось в реакторе в ожидании ввода в эксплуатацию нового промежуточного хранилища для отработанного ядерного топлива (проект В1).
Игналинская АЭС возобновила выгрузку ядерного топлива из реактора 2-го блока летом 2017 года - после того, как предприятие получило лицензию на промышленную эксплуатацию нового промежуточного хранилища для ОЯТ.
В настоящее время, когда в реакторах обоих блоков Игналинской АЭС нет отработанного ядерного топлива, деятельность атомной станции направлена на минимизацию возможного риска для безопасности объекта, ускорение вывоза отработанного ядерного топлива с блоков и размещение на временное хранение в новом ПХОЯТ.
Проектирование и строительство нового промежуточного хранилища для отработанного ядерного топлива (проект В1) выполнялись при финансовой поддержке Международного фонда поддержки снятия с эксплуатации Игналинской АЭС, администрируемого ЕБРР. Европейский Союз внес наибольший вклад в МФПСЭ в размере 96%. Другие страны-доноры – Австрия, Бельгия, Великобритания, Дания, Финляндия, Франция, Германия, Люксембург, Нидерланды, Норвегия, Польша, Испания, Швеция, Швейцария.