По постановлению Президиума АН СССР № 1248 от 26.11.1990 г. на базе структурных подразделений Комиссии по проблемам транспорта образован ИПТ РАН.

Постановлением Президиума РАН от 22.11.2011 г. № 241 за Институтом закреплены следующие основные направления научных исследований:

• Научные основы информатизации и организации транспортных систем
• Научные основы построения интеллектуальных транспортных систем
• Ресурсосбережение на транспорте, в том числе с использованием нанотехнологий
• Разработка комплексных методов снижения техногенной нагрузки от транспортных систем
• Научные основы прогнозирования развития транспорта