Завод РЗ-5 (Завод И, Объект №5, Завод №5, Опытно-физическое подразделение) первоначально был предназначен для наработки оружейного плутония. Первая очередь включала в себя три реактора И-1 (пуск произведен в 1955 году, остановлен 1990 году), ЭИ-2 (пуск в 1958 году, остановлен в 1990 году) и АДЭ-3 (пуск в 1961 году, остановлен в 1992 году).
Впоследствии, с вводом в действие атомной электростанции АЭС-2 (РЗ, Объект 45) в 1965 году, предназначался также для производства тепла и электроэнергии. Два атомных реактора типа АДЭ-4 (пуск в 1964 году, остановлен в 2008 году) и АДЭ-5 (пуск в 1965 году, остановлен в 2008 году). В 1973 году была построена тепломагистраль к городу Томску, что позволило снабжать областной центр дешевой тепловой энергией. С 1 сентября 2004 года реакторные производства комбината (РЗ-5 и РЗ-45) объединены в единый производственный комплекс - Реакторный завод. На сегодня все пять промышленных уран-графитовых реакторов остановлены.
До момента остановки реакторы давали 30-35% тепла, необходимого для отопления жилого массива Томска, более 50% для города Северска и промплощадок комбината.
В настоящее время на Реакторном заводе продолжаются работы по выводу из эксплуатации реакторов и электростанций №1 и №2, при этом особое внимание уделяется мероприятиям по обеспечению экологической безопасности выводимых из эксплуатации объектов и охране окружающей среды. Выполняется комплекс работ, в том числе научно-исследовательских, по повышению надежности действующих хранилищ радиоактивных отходов (РАО), освоению и обработке технологии дезактивации металлических РАО и так далее. Кроме того, на площадке функционируют производства, направленные на обеспечение потребностей других подразделений комбината и сторонних потребителей – выпуск баллонного кислорода и азота, производство пластмассовых изделий, демеркуризация отработавших ртутных ламп.