Миссия университета — научное и кадровое обеспечение защиты геополитических интересов России в Арктике путем создания системы непрерывного образования, проведения арктических исследований и инновационных технологических разработок, стратегического партнерства с бизнес-сообществом.
Стратегическая цель университета — формирование интеллектуального центра, способствующего развитию арктических территорий Российской Федерации и занимающего лидирующие позиции в числе университетов Арктической зоны. Университет должен стать интеллектуальным центром освоения Арктики в международном пространстве, который предоставляет широкие возможности для обучения, исследований и внедрения их результатов в производство, а также развитие территорий за счет участия в федеральных и международных проектах.
Акцент на развитие Северного (Арктического) федерального университета в качестве ведущего научного и образовательного полярного центра на российском Севере соответствует глобальной государственной задаче усиления геополитических позиций в Арктике.
«…Мы создали такой мощный центр, и образовательный, и научный, обязательно нужно, чтобы он работал на государственную стратегию и на государственную программу развития Арктики», - В.В. Путин, 9 июня 2014 года
Развитие САФУ связано с двумя важнейшими государственными документами, концептуально определяющими развитие Арктики: