
Общее управление НИЯУ будет осуществляться Попечительским советом в составе: представителей Администрации Президента РФ, Правительства РФ, федеральных органов исполнительной власти, ГК «Росатом», ведущих ученых, государственных и общественных деятелей, представителей частного бизнеса. Руководителем программы развития университета будет являться ректор НИЯУ «МИФИ». Общее руководство этой программой будет осуществлять выборный представительный орган – Ученый совет. Управление процессами реализации мероприятий и текущий контроль за их выполнением будет осуществлять Ректорский совет, который создается из руководителей образовательных учреждений и ведущих ученых НИЯУ.
В рамках создания НИЯУ будет осуществлена модернизация образовательной деятельности с учетом специфики ядерного образования, особенностей развития регионов и регионально-отраслевых потребностей в квалифицированных кадрах, а также усовершенствована материально-технической база университета (включая модернизацию зданий и оборудования) с учетом системы многоуровневой подготовки кадров. Структура подготовки специалистов НИЯУ «МИФИ» будет включать следующие уровни: довузовская профильная подготовка, начальное и среднее специальное образование, бакалавриат, специалитет, магистратура, аспирантура и докторантура, дополнительное образование, переподготовка и повышение квалификации. Ожидается, что доля выпускников НИЯУ «МИФИ» по профильным специальностям, работающих в атомной отрасли, составит к 2011 году 30%, к 2015 году – 50%, к 2020 году – 70%.