Расходы ФГУП «Атомфлот» на содержание атомного ледокольного флота в 2009 году составили на 500 млн. рублей меньше в 2008 году. Предприятием получены 100% годового объема субсидии (1,8 млрд. рублей) на содержание объектов использования атомной энергии. Сохранен кадровый потенциал для дальнейшего развития атомного ледокольного флота, в том числе за счет повышения заработной платы - на 61% по флоту, на 44% в береговых подразделениях. На сегодняшний день зарплата в береговых подразделениях составляет 42997 рублей, у плавсостава - 47863 рублей. Такие данные приводятся в материалах ФГУП «Атомфлот» по итогам 2009 года, который стал первым полным годом работы в составе госкорпорации «Росатом».
Предприятие было передано в ведение «Росатома в августе 2008 г. В прошлом году были завершены организационно-правовые и структурные изменения переходного периода в части управления атомным ледокольным флотом. Полностью погашена задолженность прошлых периодов, в том числе, налоговая (кредиторская задолженность на момент передачи «Атомфлота» в ведение «Росатома составляла 450 млн. рублей). Предприятием в полной мере выполнены обязательства по обеспечению арктического судоходства на трассах Северного морского пути. В части технической эксплуатации флота осуществлена закупка и зарядка свежим ядерным топливом энергетической установки ледокола «Таймыр», вывоз отработавшего ядерного топлива на ПО «Маяк».
Выполнены работы по модернизации теплохода атомно-технического обеспечения «Серебрянка», что позволяет осуществлять перевозки ОЯТ в транспортных контейнерах. Впервые были выполнены два рейса по вывозу кондиционного ОЯТ с береговой базы ВМФ России «Гремиха». Осенью 2009 года выполнен доковый ремонт плавучей технической базы «Лепсе» с целью ее подготовки к переходу на СРЗ «Нерпа» для проведения утилизации. Кроме того, ремонт в собственном доке прошли атомный ледокол «Арктика» и плавтехбаза «Лотта», теплоход «Серебрянка». В прошлом году была проведена замена ротора главного генератора №6 на атомоходе «Ямал» по новой технологии, разработанной специалистами технического отдела «Атомфлота». Для снижения расходов предприятия завершаются работы по выводу в «холодный» отстой ледокола «Сибирь».