С 7 по 14 декабря 2011 года в ОАО «ВНИИАЭС» проводились инспекционные аудиты системы экологического менеджмента и системы менеджмента охраны труда и техники безопасности на соответствие требованиям стандартов ISO 14001:2004 и OHSAS 18001:2007.
Аудиты проводил международный орган по сертификации DQS. В ходе аудитов было отмечено, что система экологического менеджмента ОАО «ВНИИАЭС» соответствует требованиям международного стандарта ISO 14001:2004, система менеджмента охраны труда соответствует требованиям стандарта OHSAS 18001:2007. Действие сертификатов подтверждено в полном объеме.
Работы по созданию, внедрению и подготовке к сертификации системы экологического менеджмента ОАО "ВНИИАЭС" на соответствие требованиям международного стандарта ISO 14001:2004 начали проводиться еще в 2007 году, в декабре 2007 года успешно прошел сертификационный аудит и в феврале 2008 года получены сертификаты соответствия. Ежегодно органом по сертификации в ОАО "ВНИИАЭС" проводится инспекционный аудит на подтверждение соответствия СЭМ требованиям стандарта и один раз в три года - ресертификационный аудит.