Работы по снятию с эксплуатации Игналинской атомной электростанции финансируются из средств Европейского Союза, предназначенных для поддержки снятия с эксплуатации ИАЭС, фонда снятия с эксплуатации Игналинской АЭС, бюджета Литовской Республики, собственных средств ИАЭС и других источников.
На Cовете глав Европейского Союза было достигнуто соглашение, что в 2014-2020 г.г. на финансирование снятия с эксплуатации ИАЭС будет выделено около 400 млн евро (выделение данных средств, как и вся финансовая программа на 2014-2020 г. г. должны быть одобрены Европейским парламентом, голосование которого состоится в конце октября).
Выделенные средства будут использованы исключительно для осуществления работ по снятию с эксплуатации ИАЭС. Следует отметить, что с учетом предусмотренных средств и в 2007-2013 г. г. уже полученных, но еще не использованных средств, финансирование работ по снятию с эксплуатации ИАЭС является достаточным, безопасность и контроль остановленной электростанции обеспечивается на основании требований ядерной безопасности. Если будет получено меньше финансовых ресурсов, чем запланировано, придется соответственно пересмотреть некоторые части плана по снятию с эксплуатации ИАЭС.
Следует обратить внимание, что представленные Министерством энергетики предложения касаются лишь фонда снятия с эксплуатации ГП ИАЭС, из которого также финансируется снятие с эксплуатации ИАЭС. Средства в фонде, которые ИАЭС платила как часть доходов за проданную электроэнергию, накапливались в достаточно ограниченный промежуток времени с 1992 г. по 2010 г. С 2010 г., после останова 2-ого блока ИАЭС, фонд не пополнялся, поэтому остаток фонда со временем уменьшается. С учетом данной ситуации, Министерство энергетики подготовило проект изменения закона о фонде, по которому будут установлены возможности пополнения за счет полученных средств от продажи имущества ИАЭС. Также будут рассматриваться другие источники пополнения фонда. Так как ресурсы для снятия с эксплуатации ИАЭС ограничены, министерство предлагает оптимизировать и использование средств фонда.