Подсистема «Атомвоенсерт» создана для проведения работ по подтверждению соответствия в целях обеспечения безопасности при проведении работ по использованию атомной энергии в оборонных целях.
В Подсистеме «Атомвоенсерт» действуют все требования, правила и процедуры, регламентированные нормативными документами Военного Регистра и нормативными документами Подсистемы «Атомвоенсерт».
Работы по подтверждению соответствия в Подсистеме «Атомвоенсерт» проводятся с учетом Закона Российской Федерации “О государственной тайне” от 21.07.93 № 5485-1, “Инструкции по обеспечению режима секретности в Российской Федерации” от 05.01.2004 № 3-1-2004 и соблюдением конфиденциальности в отношении коммерческой и иной служебной информации.
Деятельность Подсистемы «Атомвоенсерт» обеспечивает Центральный орган Подсистемы «Атомвоенсерт». В соответствии с Решением Центрального органа СДС «Военный Регистр» № РП -5 от 04.05.2005 в качестве Центрального органа Подсистемы «Атомвоенсерт» зарегистрирована автономная некоммерческая организация Координационный Центр «АТОМВОЕНСЕРТ», директором которой является Кокорев Юрий Юрьевич.
АНО КЦ «АТОМВОЕНСЕРТ» в настоящее время выполняет работы по разработке научно-методического, нормативного и организационного обеспечения функционирования Подсистемы «Атомвоенсерт» и имеет лицензию Федерального агентства по атомной энергии на осуществление деятельности по использованию радиоактивных материалов при проведении работ по использованию атомной энергии в оборонных целях. Регистрационный номер лицензии от 30.12.2003 № В-30-0075. В соответствии с приказом АНО КЦ «АТОМВОЕНСЕРТ» от 29.04 2005 № 2-05/КЦ Руководителем Центрального органа Подсистемы «Атомвоенсерт» назначен заслуженный деятель науки Российской Федерации, доктор технических наук, профессор Г.А.Новиков.
Подсистема «Атомвоенсерт» наделена правом самостоятельной организации работ по сертификации в зарегистрированной в Военном Регистре области деятельности.
Положением о Подсистеме «Атомвоенсерт» ВР РД 01.015-2005, согласованным заместителем руководителя Федерального агентства по атомной энергии И. М. Каменских и утвержденным председателем Руководящего Органа СДС «Военный Регистр», определена область деятельности Подсистемы «Атомвоенсерт».