Федеральное агентство по управлению особыми экономическими зонами образовано в соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 22 июля 2005 года № 855 "О Федеральном агентстве по управлению особыми экономическими зонами".

Федеральное агентство находится в ведении Министерства экономического развития Российской Федерации и осуществляет свою деятельность непосредственно и через свои территориальные органы и подведомственные организации во взаимодействии с другими федеральными органами исполнительной власти, органами исполнительной власти субъектов Российской Федерации, органами местного самоуправления, общественными объединениями и иными организациями.

Основные функции Агентства - оказание государственных услуг и осуществление правоприменительных функций в сфере управления особыми экономическими зонами (Федеральный закон от 22.07.2005г. № 116-ФЗ "Об особых экономических зонах в Российской Федерации"), а также контроль за выполнением соглашений о ведении промышленно-производственной или технико-внедренческой деятельности.

В соответствии с "Положением о Федеральном агентстве по управлению особыми экономическими зонами", утвержденным Постановлением Правительства Российской Федерации от 19 августа 2005 г. №530, Агентство осуществляет управление особыми экономическими зонами в порядке и пределах, предусмотренных законодательством Российской Федерации; проводит в установленном порядке отбор заявок на создание особых экономических зон; организует ведение банка данных земельных участков, отведенных для создания особых экономических зон, и объектов недвижимости, находящихся на территории особых экономических зон.

Федеральному агентству по управлению особыми экономическими зонами предоставлено право управлять и распоряжаться объектами недвижимости, расположенными на территории особой экономической зоны и находящимися в государственной и (или) муниципальной собственности, в порядке, установленном соглашением о создании особой экономической зоны; земельными участками в пределах территории особой экономической зоны на основании соглашения о создании особой экономической зоны в соответствии с законодательством Российской Федерации.

Агентство осуществляет мониторинг реализации соглашений о создании особых экономических зон, регистрацию юридических лиц и индивидуальных предпринимателей в качестве резидентов особой экономической зоны, контроль за исполнением резидентом особой экономической зоны соглашения о ведении промышленно-производственной или технико-внедренческой деятельности, организационно-техническое обеспечение деятельности наблюдательного совета особой экономической зоны, а также осуществляет иные полномочия в установленной сфере деятельности, если такие полномочия предусмотрены федеральными законами, нормативными правовыми актами Президента Российской Федерации или Правительства Российской Федерации.