Андрей Владимирович Каплиенко родился 8 августа 1965 г. в г. Севастополе. В 1987 г. окончил Севастопольское высшее военно-морское инженерное училище. В 1987-1997 гг. служил в пункте базирования Северного флота России Гаджиево (Сайда-губа, ЗАТО Скалистый, Мурманская область), последняя должность - командир БЧ-5.
В 1997 г. поступил в Военно-морскую академию им. Н. Г. Кузнецова.
После окончания ВМА в 1999-2005 гг. работал в Управлении государственного надзора за ядерной и радиационной безопасностью Министерства обороны Российской Федерации, в 2005 г. – старшим научным сотрудником в ГУП «НИКИЭТ». Капитан 1-го ранга. Кандидат технических наук.
В июне 2005 г. перешел на работу в центральный аппарат Федерального агентства по атомной энергии. В 2010–2012 гг. – начальник отдела разработки военных энергетических установок Госкорпорации по атомной энергии «Росатом».
С 2012 г. – заместитель директора Департамента разработки и испытаний ядерных боеприпасов и военных энергетических установок Госкорпорации по атомной энергии «Росатом».
С 15 марта 2015 года - генеральный директор АО "НИКИЭТ"