В 1981г. окончил Новосибирский государственный университет по специальности «физика». В 1998 году защитил докторскую диссертацию «Атомные ступени на поверхности кремния в процессах сублимации, эпитаксии и фазовых переходов». В 2008 г. избран членом-корреспондентом РАН по Отделению нанотехнологий и информационных технологий РАН (специальность «нанодиагностика»). В 2016 г. избран действительным членом РАН по Отделению нанотехнологий и информационных технологий РАН (специальность «элементная база, нанодиагностика»).
Специалист в области синтеза пленочных и наноразмерных полупроводниковых структур из молекулярных пучков, полупроводниковых нанотехнологий для нового поколения элементной базы наноэлектроники и структурной диагностики низкоразмерных систем, автор 6 и соавтор 201 научных работ, в том числе 2 монографий, отдельных глав в 4 монографиях, имеет 6 патентов на изобретение.
Основные научные труды А.В.Латышева связаны c изучением механизмов атомных процессов на поверхности и границах раздела при формировании полупроводниковых систем пониженной размерности. Под его руководством осуществляется комплексная метрологическая, диагностическая и технологическая поддержка многочисленных исследования в области нанотехнологий методами высокоразрешающей, сканирующей, отражательной электронной микроскопии и др. методов на базе центра коллективного пользования «Наноструктуры». Полученные результаты обеспечили создание нового поколения полупроводниковых приборов, таких как нанотранзисторы и одноэлектронные транзисторы, фотоприемные устройства на квантовых эффектах, и элементы силовой электроники. Латышевым А.В. с сотрудниками ведутся работы по развитию имеющихся и созданию новых методов нанолитографии, как остросфокусированным электронным и ионными пучками, так и с применением сканирующих зондовых микроскопов.
А.В. Латышев начал свою научную деятельность в 1981г. в должности стажера–исследователя в ИФП СО РАН, с 1998 года является заведующим лаборатории нанодиагностики и нанолитографии и с 2007 года назначен заместителем директора по научным вопросам.
А.В. Латышев - заместитель председателя Бюро ОУС СО РАН по нанотехнологиям и информационным технологиям, член специализированных диссертационных советов в ИФП СО РАН и НГТУ, руководитель Научно-образовательного центра «Физика конденсированных сред и физического материаловедения», член редколлегий журналов «Surface Science and Nanotechnology», «Наука из первых рук» и «Вестник НГУ» (серия Физика).
А.В. Латышев - соруководитель научной школы «Атомные процессы и технологии создания низкоразмерных полупроводниковых систем», член приборной комиссии СО РАН, технического комитета по стандартизации (ТК 441 «Нанотехнологии»), Научно-технического совета при Министерстве социального развития Новосибирской области, член экспертных советов РФФИ, Министерства образования и науки и ГК «Роснано», Научного совета международной школы по материаловедению и электронной микроскопии (г. Берлин). Под его руководством выполнялись международные контракты с фирмами Самсунг (Ю.Корея), «Мозаик кристалл» и «Наногейт» (Израиль), «AGM» (Германия) и другими, а также с рядом университетов (Германии, Франции, Японии, США, Болгарии и др.)
А.В. Латышев награжден почетными грамотами РАН, Министерства образования и науки РФ, Президиума СО РАН и Президиума РАН, Фонда содействия отечественной науке.