В своей работе АТОМПРОЕКТ применяет новейшие инновационные технологии и признанные мировые практики. Информационное моделирование осуществляется на базе одного из самых мощных суперкомпьютеров страны. Специалисты создают проекты, пригодные к лицензированию во всех странах мира.
Петербургский институт осуществляет комплексное проектирование объектов атомной отрасли, научные исследования, разработку ядерных энерготехнологий нового поколения. Общество проектирует новые разделительные и радиохимические производства и атомные электростанции со всеми типами реакторов, осуществляет проектное сопровождение объектов использования атомной энергии (ОИАЭ) на всех этапах жизненного цикла, является одним из участников проекта «Прорыв» - комплекса технологий замкнутого ядерного топливного цикла с реакторами на быстрых нейтронах.
Для проведения высокопроизводительных расчетных обоснований и верификации проектных решений Общество использует СуперЭВМ и технологию Виртуальная АЭС.
Технология «Виртуальная АЭС», разработанная и внедренная специалистами АТОМПРОЕКТа, включает комплекс технических и программных средств, а также многоуровневую систему математических моделей основных и вспомогательных технологических систем и оборудования. Программные средства дают возможность оптимизировать проектные решения и программу пусконаладочных работ при сооружении АЭС.