Василий Губкин родился 27 октября 1977 года в Североморске.
Его отец – моряк, капитан дальнего плавания, поэтому еще с детства Василий Губкин решил связать свою дальнейшую судьбу с морем.
В 1998 году окончил Мурманский морской рыбопромышленный колледж им. И. И. Месяцева по специальности «Техник-судоводитель», а в 2014 году – Мурманский государственный технический университет по специальности «Инженер-судоводитель».
Свой профессиональный путь начал в 1998 году с должности дублера 4-го помощника капитана и после 19 лет общего стажа на атомном флоте получил назначение на должность капитана головного универсального атомного ледокола «Арктика».