Президент РФ Дмитрий Медведев подписал Указ от 1 октября 2009 года «О дополнительных мерах по реализации пилотного проекта по созданию национального исследовательского центра «Курчатовский институт». Указом утверждено предложение Правительства РФ, Российской академии наук и госкорпорации «Росатом» об участии в проекте следующих организаций: двух институтов «Росатома» - ФГУП «Государственный научный центр Российской Федерации - Институт физики высоких энергий» (ИФВЭ) и ФГУП «Государственный научный центр Российской Федерации - Институт теоретической и экспериментальной физики» (ИТЭФ), а также учреждения РАН - Петербургский институт ядерной физики имени Б.П.Константинова (ПИЯФ).
Решение принято в целях «научного обеспечения устойчивого технологического развития и модернизации приоритетных отраслей экономики». Создание новой структуры на базе РНЦ «Курчатовский институт» утверждено указом Президента РФ от 30 апреля 2008 года. Основными направлениями деятельности национального исследовательского центра определены: ускоренное внедрение в производство научных разработок, проведение полного инновационного цикла НИОКР, включая создание промышленных образцов, по приоритетным направлениям развития науки, технологий и техники в РФ - «Индустрия наносистем и материалов» и «Энергетика и энергосбережение»; осуществление координации научной деятельности по реализации президентской инициативы «Стратегия развития наноиндустрии»; выработка принципов построения и функционирования национальных исследовательских центров.
Указом от 1 октября устанавливается, что национальный исследовательский центр «Курчатовский институт» дополнительно к перечисленным направлениям деятельности участвует от имени Российской Федерации в реализации соответствующих международных проектов. Правительству РФ поручено в 6-месячный срок: разработать и внести в Государственную Думу проект федерального закона «О национальном исследовательском центре «Курчатовский институт»; утвердить программу совместной деятельности организаций, участвующих в проекте по созданию НИЦ; утвердить перечень уникальных ядерно-физических установок, необходимых для осуществления центром своей деятельности; принять решение об отнесении Российского научного центра «Курчатовский институт» к ведению Правительства РФ.
Кроме того, Правительству РФ поручено разработать порядок финансирования Российского научного центра «Курчатовский институт» за счёт бюджетных ассигнований федерального бюджета, предусмотрев включение этого учреждения, как наиболее значимого учреждения науки, в ведомственную структуру расходов федерального бюджета в качестве главного распорядителя бюджетных средств. Госкорпорации «Росатом», Российской академии наук и РНЦ «Курчатовский институт» поручено до завершения мероприятий по созданию национального исследовательского центра «Курчатовский институт» обеспечить координацию деятельности организаций, участвующих в пилотном проекте по созданию НИЦ. Стабильное финансирование этих организаций до завершения создания НИЦ должно быть обеспечено Правительством РФ, госкорпорацией «Росатом» и Российской академией наук.