Алексей Кононенко родился 28 мая 1979 года в Краснодаре. В 2004 году окончил факультет нефти, газа и энергетики Кубанского государственного технологического университета по специальности "инженер-электрик".
С 2003 по 2015 год работал в ООО Корпорация "АК Электросевкавмонтаж". Прошёл профессиональный путь от мастера СМР, прораба, начальника производственного участка по монтажу электротехнического оборудования, главного инженера до директора "Волгодонского управления электромонтажных работ".
Руководил выполнением комплекса строительных и электромонтажных работ по сооружению объектов атомной и тепловой энергетики РФ и за рубежом: Калининской АЭС (блоки №№3, 4), АЭС Бушер-1, Белоярской АЭС (блок №4), Ленинградской АЭС-2 (блок №1), Ростовской АЭС (блоки №№2, 3).
С 2015 года занимал должность директора по строительству Ростовской АЭС - директора Волгодонского филиала АО АСЭ при сооружении блока №4. В 2018 году, после досрочного ввода в эксплуатацию блока №4 Ростовской АЭС, назначен директором по строительству блоков №№1 и 2 Белорусской АЭС.
Отмечен отраслевым знаком госкорпорации "Росатом" - орденом "За заслуги в развитии атомной отрасли 1, 2 степени", знаком отличия "Почётный строитель атомной отрасли", награждён почётной грамотой министерства энергетики Российской Федерации, указом Президента Российской Федерации награждён государственной наградой РФ - "Медалью за заслуги в освоении атомной энергии".
Является победителем конкурса госкорпорации "Росатом" "Человек года - 2018" в номинации "Победа года", а также конкурса госкорпорации "Росатом" 2020 года в номинации "Лучший ПСР-проект отрасли, направленный на сокращение сроков сооружения объектов АЭС".