В 2008 году под управление Госкорпорации «Росатом» были переданы 15 специализированных комбинатов «Радон», созданных в конце 50-х – начале 60-х годов XX века для сбора, переработки и хранения радиоактивных отходов (РАО) низкого и среднего уровней активности и источников ионизирующего излучения.
В 2009 году предприятию была передана площадка Кирово-Чепецкого химического комбината, нуждающаяся в реабилитации.
В 2011 году в состав предприятия в качестве его филиалов вошли ФГУП «СевРАО» и ФГУП «ДальРАО», созданные ранее в целях утилизации атомных подводных лодок и надводных кораблей с ядерными энергетическими установками Северного и Тихоокеанского флотов.
ФГУП «РосРАО» – специализированная организация, профессионально занимающаяся обращением с радиоактивными отходами (РАО) в масштабах всей страны. Предприятие оказывает полный комплекс услуг в области обращения с радиоактивными отходами, включая сбор, транспортирование, переработку, кондиционирование, хранение отходов низкого и среднего уровня активности, а также обращение с отработавшим ядерным топливом и радиоактивными отходами, накопленными в процессе деятельности Военно-Морского Флота и образующимися при утилизации атомных подводных лодок и надводных кораблей с ядерными энергетическими установками.
Ключевая задача ФГУП «РосРАО» – обеспечение ядерной и радиационной безопасности в сфере комплексного обращения с радиоактивными отходами. Стратегическая цель ФГУП «РосРАО» – лидерство в Российской Федерации в области комплексного обращения с радиоактивными отходами и в утилизации выведенных из эксплуатации атомных подводных лодок (АПЛ) в рамках реализации государственной политики в области обеспечения ядерной и радиационной безопасности, в долгосрочной перспективе – создание компании мирового уровня в области атомного бэкэнда.
6 апреля 2020 года переименовано во ФГУП «ФЭО» (Федеральное государственное унитарное предприятие «Федеральный экологический оператор»).
Новое название отражает расширение направлений деятельности предприятия. Являясь участником сразу двух федеральных проектов «Инфраструктура для обращения с отходами I-II классов опасности» и «Чистая страна» в составе национального проекта «Экология», предприятие выступает флагманом по реализации крупных экологических инициатив в масштабах всей страны.
ФГУП «ФЭО» ведет проекты по созданию в России государственной системы по обращению с отходами I-II классов и рекультивации объектов накопленного вреда окружающей среде.