Федеральный орган исполнительной власти, созданный в рамках реформы Российской академии наук.
В 2013 году Минобрнауки инициировало процесс реформы РАН, который стал законодательно оформлен в виде федерального закона от 27 сентября 2013 года. Согласно закону РАН должна объединиться с академиями сельскохозяйственных и медицинских наук, организации входящие в академии и их имущество должно быть отдано в управление новому органу федеральной власти (ФАНО). Агентство подчиняется Правительству РФ.
В июле 2013 года президент РФ В.В.Путин предложилexternal link, opens in a new tab президенту Росскийской Академии наук В.Фортову совмещать должности президента РАН и главы ФАНОexternal link, opens in a new tab, чем добился его согласия на правительсвенный проект реформы РАН. Однако 24 октября премьер-министр РФ Дмитрий Медведев назначил главой ФАНО не Фортова, а заместителя министра финансов Михаила Котюкова.
25 октября 2013 года стало известно, что агентство будет управлять всеми научными организациями России, а не только бывшими организациями РАН. Позже было уточнено, что науку в ВУЗах оставят в ведении Минобрнауки.