Приказом Министерства высшего и среднего специального образования № 683 от 05.10.1985 года в г. Обнинске на базе филиала Московского инженерно-физического института с 01 ноября 1985 года был открыт институт атомной энергетики (ИАТЭ).
Приказом Министерства образования РФ № 2960 от 29.07.2002 Обнинский институт атомной энергетики переименован в государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования «Обнинский государственный технический университет атомной энергетики» Минобразования РФ.
На основании распоряжения Правительства Российской Федерации от 8 апреля 2009 года № 480-з и приказа Федерального агентства по образованию от 29 апреля 2009 года № 461 государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования «Обнинский государственный технический университет атомной энергетики» реорганизован путем присоединения к Федеральному государственному бюджетному образовательному учреждению высшего профессионального образования «Национальный исследовательский ядерный университет «МИФИ» с образованием на его основе Обнинского института атомной энергетики — филиала Федерального государственного бюджетного образовательного учреждения высшего профессионального образования «Национальный исследовательский ядерный университет «МИФИ».
Приказом Министерства образования и науки Российской Федерации от 28 ноября 2011 года № 2757 институт переименован в Обнинский институт атомной энергетики — филиал федерального государственного автономного образовательного учреждения высшего профессионального образования «Национальный исследовательский ядерный университет «МИФИ».