Сергей Викторович Онуфриенко окончил Ленинградский политехнический институт им. Калинина по специальности «Атомные электрические станции и установки».
Без малого три десятка лет проработал в Санкт-Петербургском «Атомэнергопроекте», пройдя трудовой путь от инженера до генерального директора. Сергей Онуфриенко возглавлял институт в течение семи лет – с 2000 по 2007 годы.
В 2008 – 2010 годах возглавлял департамент управления стоимостью инвестиционных объектов, был руководителем проекта сооружения Ленинградской АЭС-2 ОАО «Атомэнергопром».
В январе 2011 года был назначен директором Открытого акционерного общества «Восточно-Европейский головной научно-исследовательский и проектный институт энергетических технологий» (ОАО «Головной институт "ВНИПИЭТ"»).
8 декабря 2011 года назначен директором Санкт-Петербургского «Атомэнергопроекта» по совместительству.
С 1 июля 2014 года занимает пост Генерального директора ОАО "АТОМПРОЕКТ". Компания образована объединением СПбАЭП и ГИ ВНИПИЭТ.