Комиссия по ядерной энергии была основана Постановлением №389 Совета Министров Монгольской Народной Республики от 27 июля 1962 года. Комиссия по ядерной энергии работала при Правительстве Монгольской Народной Республики в 1991-1993 годах, Министре образования и науки в 1993-1996 годах, Министре просвещения в 1996-2000 годах и Министре образования, культуры и науки в 2000-2008 годах.
В рамках Администрации Премьер-министра Постановлением № 263 Правительства Монголии в 2008 году была воссоздана Комиссия по ядерной энергии, а Агентство по ядерной энергии (ранее) выполняло функции исполнительного аппарата в 2009-2014 годах.
Парламент Монголии ратифицировал поправку к Закону о ядерной энергии в 2015 году, а Правительство Монголии реструктурировало Комиссию по ядерной энергии (NEC) и сформировало ее Исполнительный офис на основе Приказа № 72 в 2015 году.